在世界的腹地有一座海鸥岛，岛上住着海王神的家族。米拉罗伯是海洋之王，是一位半人半海狮的神灵，一切海洋生物都是他的臣民。米拉罗伯的妻子――海洋王后赫楚拉是一位半人半海马的神灵，她是一只美丽的独角兽和一名强壮的伐木工的爱情结晶。
那年冬天，赫楚拉第一次邂逅了米拉罗伯。当时她正在井边汲水，但她在井中看到的不是自己的倒影，而是米拉罗伯的面容。他们一见钟情、深深相爱。两人结婚后，赫楚拉跟随丈夫住在海底，但她仍然会回家探望父母，而且会到陆地上来透气。米拉罗伯和赫楚拉生育了三个可爱的孩子，分别是掌管水生植物的美人鱼王子品伊，还有两位美人鱼公主品雅和赛琳娜。三个孩子都协助父母一同精心照看着海洋。
海鸥岛是第一个让赫楚拉深深着迷的地方，因为这是她出生和成长的故乡。她的父母——独角兽夫人与伐木工先生是大洪水之后在这座岛屿上定居的第一个家庭。这里曾经人烟稠密，生机勃勃，但经历了洪水的没顶之灾，无人幸存。多年之后洪水退去，土地重新袒露出来，但归来的只有海鸥。后来，独角兽夫人和伐木工先生在航行中发现了这座覆盖着密林的美丽小岛，于是决定在此定居下来。
伐木工先生建造了五彩缤纷的水上棚屋，这种木质小屋建在高脚杆上，脚下是汹涌的波涛。岛上的棚屋与大陆遥遥相对，于是大陆沿岸村庄的人们也纷纷搬来了海鸥岛，也在高脚杆上建起了栖身的棚屋，最终发展成了一个生机勃勃的小村落。独角兽夫人想要建立一个人际关系紧密的社区，她的努力取得了成效――虽然海鸥岛孤悬海外，但岛上的居民并不孤单，他们和大陆上的同胞保持着紧密的联系。完成了这项目标之后，他们觉得是时候组建自己的家庭了，于是生育了他们的独生女儿赫楚拉。
赫楚拉年幼时就对海洋心存热爱与敬畏，成为海洋王后以后，她对海洋保护的热忱有增无减。她总是保证海洋环境能够可持续发展，为人们提供谋生的条件。虽然她十分博爱，但她会对那些不守规则的人施以严厉的管束。她定下的规矩只有一条：捕鱼不得超过日常所需。如果渔民过度捕捞，赫楚拉就会限制鱼群的供应。但如果他们尊重海洋，那么下一次出海就能得到丰足的收获。
赫楚拉的两个女儿――品雅公主和赛琳娜公主是渔民的信使，她们会游到岸边，将此次出海的收获是丰盛还是贫瘠告诉渔民。品伊王子也总是和她的两位妹妹一起行动，此外他还负责监测海洋水生植物的情况。
这天清晨，日出比前一天迟了一些。赫楚拉远眺大海，看到水面变成了血红色，而那并不是日光的反射。赫楚拉尖叫起来：“有人正在屠杀鱼类！”但事情并非如她所想，屠杀鱼类的并不是冷漠的人类，而是比人类危险得更多的东西。
三个孩子听到母亲的尖叫，也都围拢过来。身为海洋植物学家的品伊倒抽了一口凉气：“这是赤潮！”
赫楚拉愤怒不已，但她也察觉到事情脱离了自己的掌控。她知道如何调节海洋生命和人类的行为使之达到和谐，但太阳的情绪和其他自然元素的影响却不是她能够左右的。现在，水温高于正常水平，导致藻类加速生长，产生大量有害毒物，让海水变为了红褐色。污染海洋、屠杀海洋生物的元凶正是这种赤潮，而不是渔民。
病态海洋现在呈现出病入膏肓的迹象，死去的海洋生物布满海滩。渔民把苟延残喘的小鱼抓走，打算拿到市场上出售，但这些鱼已经遭到了污染。看到这一幕，品雅、赛琳娜和品伊三人毫不犹豫地跃入水中，朝着大陆的海岸线游去。
就在他们快要抵达岸边的时候，三人突然发现一名年轻的渔民小伙子独自撑着船，漂在一片死寂的水面上哀哀哭泣，他是奎林的曾孙卡迪。
“我知道赤潮让人恐慌，但你必须听我的话。你不能把这些鱼拿到市场上出售。食用这些鱼类太危险了。”
卡迪摇摇头：“不是鱼的问题，我担心的是我唯一的妹妹赛金，她被邪恶的巫师布鲁霍抓走了！”(
品雅不知道自己还能承受多少坏消息。首先是赤潮，然后又是阴魂不散的布鲁霍！过去几十年里，布鲁霍一直在绑架小孩子，大多都是女孩。他住在那座终日被黑暗笼罩的神秘小岛上，人们称之为布鲁霍岛。虽然从海鸥岛上肉眼看不到这座小岛，甚至用高倍望远镜也看不到，但那座岛屿就在那里。据说布鲁霍住在水边的一个洞穴当中，有很多长毛怪兽守护着入口，它们手足并用，行走如风，以黑猫的乳汁和山羊的血肉为食。据说这些怪兽就是由从大陆上掳去的孩子变异而成的。
布鲁霍穿着一件长度只够遮住肚皮的魔袍，用几根带子绑在裸露的后背上。这件魔袍赋予布鲁霍无穷的法力。布鲁霍幼时曾经受过虐待(虽然没人知道具体情况)，于是他就用法力报复世界。他会把自己亲手调配的毒药倒入大海，把海洋生物屠戮一空；他可以用法力诱骗和操控他人；他披上了斗篷就能飞行；他还能把小孩变成怪物。
“我们得快点想个办法！”品雅公主急切地说道。
品伊王子说：“你留在这里帮助卡迪。我会向其他渔民通报藻类问题。”于是他和赛琳娜游走了，留下品雅陪伴着卡迪。
“我们必须要去拯救你的妹妹！我们没有别的选择！”品雅公主说道。
卡迪把脑袋埋在双手当中，他很害怕。他听说那些绝望的父母追去了布鲁霍岛，想要救回自己的孩子，但他们再也没有回来。经过了一番思想斗争，卡迪把船锚拔起来放到船上，说道：“好，我们出发吧！”
卡迪坐在小渔船里，品雅在波涛中拉着他前行。她让白海马围在自己身边，一路乘风破浪，游到了布鲁霍岛。
品雅将船系在布鲁霍岛的沙滩上，这里到处是搁浅的塞鲸。品雅从一只塞鲸身上跃过，悲伤地哭泣起来。她知道这就是布鲁霍策划的溢油事故带来的后果，他还在实施其他邪恶计划，目的就是破坏海洋，让所有的海洋生物统统死亡。“世上怎么会有如此残忍邪恶的坏人？这一切究竟是为了什么呢？”她哭道。
卡迪靠近品雅，但她却用手势示意他赶快去拯救赛金。
岛屿的美丽让卡迪心生敬畏――海岸线上耸立着陡峭的岩壁，将陆地和冰冷而蔚蓝的海水分割开来。卡迪勇敢地沿着海岸线前行，而品雅在水中等他归来。但他找不到布鲁霍的洞穴。他绕过一个拐角，发现岩石后的沙滩上停着一艘阴森恐怖的巨船。“这是卡洛奇号……那只鬼船！”卡迪心想。这艘船看似已被废弃，他觉得自己应该爬到船顶找找线索，看看妹妹究竟被关在哪里。
卡迪找到了一根从船身垂下来的绳子，慢慢攀到了甲板上。船上的空气仿佛都变得诡异起来，温度也似乎下降了一些。与下面甲板相连接的舷梯处的什么东西引起了他的注意，他决定小心地探索一下船舱内部。他摸着两边的墙壁穿过一片漆黑的走廊，发现了一个上了锁的房间。一股莫名的冲动驱使他想要看看里面有什么，于是他缓缓打开了门。房间里面一片死寂，他的眼睛也逐渐适应了黑暗，发现面前堆了很多箱子。他弯下腰，轻轻卸下最近那只箱子的锁，打开了箱盖。箱里赫然装满了干枯的骨殖，但尺寸比人骨要大很多。惊恐之下，他马上合上了箱盖，却瞥见箱盖上刻着一行字：猛犸象。卡迪一个个箱子看过去，上面的标签分别写着：渡渡鸟；西非黑犀牛；金蟾蜍……这是远近一切已经灭绝的物种的坟场！这不可能！卡迪越想越怕，忍不住要逃离此地。在走出船舱的途中他看到了另一箱骨头，上面写着：海鸥岛的原住民。卡迪吓得冷汗直流。原来布鲁霍不仅绑架儿童、污染水源，而且还用极端的气候变化灭绝了不少动物，杀死了整整一个岛屿的居民。
卡迪以最快的速度跌跌撞撞地逃出了船舱。他从甲板上向远方眺望，发现岛屿中央处有一座高塔，那里好像有人迹。他迅速朝着那个方向跑过去，一路警戒着可能的危险。
卡迪跑到高塔近处，发现这座塔从上到下开了数百扇窗户，每扇窗户后面都是一个单独的房间。有的窗户敞开着，有的窗户紧闭着，还垂着窗帘。卡迪听到了一个女孩的歌声，他循着歌声绕着塔身跑动起来。唱歌的女孩子把头发从窗沿垂下来，但她的头发很短，只能扎成一条马尾，连辫子都打不起来。卡迪扫视了敞开的窗子，看到许多女孩们把短发从窗外垂下来，但没有看到他的妹妹。卡迪正在更加疑虑地扫视，这时，身后突然有人呼唤他的名字。卡迪回过头，看到了他的曾祖父奎林。
终于见到了一张熟悉的面孔，卡迪激动不已，何况这个人还是他的曾祖父。“我以为我妹妹赛金被布鲁霍抓到了这里，可是我一直没找到她。”卡迪沮丧地说。
就在这时，又有人在喊他的名字。卡迪抬头望去，发现之前紧闭着的一扇窗户打开了，赛金抓着窗沿吊在半空中，喊道：“救救我！”卡迪立刻朝她跑过去，但曾祖父奎林一把抓住了他的手臂：“小心！这里很危险……”
他刚说完这几个字，汹涌的潮水就席卷而来，将所有人吞没于波涛之中。
此时，在不远处的海面上，三只小猪、露比和小象一同乘着小水猪的船屋，追寻着小红帽的踪迹。
红森林中的地雷爆炸之后，露比和三只小猪发现小象正在森林里哭泣。小象告诉他们自己一直在寻找大象塔斯克，因为他觉得塔斯克像是自己的翻版，只不过体型大了一号。
“小象，跟我们走吧。”露比坚持道：“我们在寻找失踪的小红帽和三只老猪，我们也会在路上寻找塔斯克。”
所以，小象也加入了这支队伍，坐在船屋的尾部――大家齐心协力把船屋从干涸的湖底拉到了海边。现在大家坐在船上，戴着头灯不停呼唤：“小红帽……三只老猪……塔斯克！”然而没有任何回音。
他们本来行驶得很慢，但一阵猛然袭来的巨浪让船屋骤然加速。他们很快就意识到这不是一阵小波浪，而是一场毁灭性的巨潮。他们闭着眼睛尖叫起来：“啊！！！”巨浪横扫布鲁霍岛之后呼啸而去，让船屋搁浅在沙滩上。岛上一片破败的景象：树木被连根拔起，路灯弯成了九十度，有些女孩在哭泣，有些女孩拼命地在废墟之下寻找着什么东西――或者什么人。
小泥猪被飓风吓坏了，他尖叫着跳下船，把脑袋插到泥土里，只剩两条后腿和一条小尾巴还露在空中。
“小红帽在那里！”露比惊叫道。小泥猪闻声抬起头来，忘了自己的恐惧。露比一跃而起，朝着女儿飞奔过去。小红帽正在和另外两个人一起抬起一大块砖砾，当披着红兜帽的人影转过身来，露比却猛地呆住了――眼前这个人不是她的小红帽，而是披着一顶红兜帽的老人奎林。大颗大颗的泪水从露比的眼中涌了出来。
“真对不住。”奎林说道，他真心实意地为自己给露比带来失望而心怀歉意。
“这不是你的错。”露比说道。“只是我刚才看到了我极想看到的东西。”
“很不幸，小红帽并不在这里，所以我们都得赶快离开，这里太不安全。”奎林说道。
“卡迪，你和小猪先走，让这里所有的女孩与你们一起乘坐船屋离开。我会把剩下的女孩召集起来，而且我向你保证，一定会把你妹妹带回家。快去吧，否则就来不及了！”奎林说道。
卡迪知道奎林一定会信守诺言，所以他拥抱了曾祖父，然后就此分别。
奎林目送着卡迪和其他人登上了小船。这艘船载人太多，非常不安全，但仍然比留在岛上要安全。
奎林向伙伴们挥手告别，一直目送那艘船变成浩瀚海洋上的一个小点。这时他注意到地平线上驶来了一艘很眼熟的船，奎林暗自祈祷，千万不要是他想象中的那艘船。然后他拿出望远镜仔细一看，自言自语道：“果然是鬼船卡洛奇号，掌舵的人是布鲁霍。”
与此同时，竹子王后和竹子公主在海上迷了路，根本找不到陆地的方向，也没有人能帮助她们，甚至手机信号也断了。她们筋疲力尽，绝望地躺在船板上。时间一定过去了很久，船也一定漂流了很远――竹子王后听到有人叫她的名字，她猛地坐了起来，看到了三只小猪、露比，还有几张熟悉的脸庞。伙伴彼此重逢，万分激动。他们商定要互相分享一路上的见闻，不过现在他们必须得继续上路了，因为他们还得寻找同伴呢！
